簡單翻譯一下Trevor Bedford的推特：
[1/3]
這些短插入確實存在2019-nCoV裡，和它序列親緣相近的病毒株相似，像是BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013，可見親緣的樹狀分析圖：auspice
然而，以簡單BLAST分析可以發現這樣的短片段出現在差異性極高的有機體內，沒有理由要包括HIV病毒。

我的補充：
這應該是blastp（已知蛋白序列對應到資料庫裡的蛋白序列）的結果，舉例來說，第一行比對到百分之百的結果是瘧原蟲裡未知功能的保留蛋白（conserved的意思是說即便經歷演化跟突變，仍保留不變的特性）

[2/3]
明白來說，這些在棘蛋白上觀察到的插入和蝙蝠身上冠狀病毒自然的演化具一致性，棘蛋白承受了許多演化壓力，而它會藉由單點突變（改變一個鹼基）或是增加或減少一段和蝙蝠病毒相關基因來因應。

[3/3]
這張多重序列比對圖顯示SARS排在頂端、類SARS相關的病毒位在中段，而nCoV在底部，可以發現RNA重複序列的增減會出現在自然演化之中。

我的補充：這應該不是RNA序列是DNA序列（因為RNA沒有T，而是U），但意思就是那樣啦。
他這邊有補充更多4段插入陰謀論的破解證據：
Trevor Bedford on Twitter

#NEWS 2019-新型冠狀病毒－武漢爆發兩個月－疫情現況與醫療展望 - The Investigat...這篇有討論到蛇。

部分假說認為，使用宿主慣用之的密碼子（不同物種細胞中，帶有某胺基酸但辨認不同密碼子的 tRNA 數量不同）是病毒對宿主的適應方式之一。中國的研究團隊將 2019-nCoV 的密碼子與刺猬、穿山甲、蝙蝠、雞、人和蛇等潛在宿主之密碼子進行比較。該假說認為，2019-nCoV 的密碼子與 Bungarus multicinctus（銀環蛇）和 Naja atra（中國眼鏡蛇）相似。團隊因此認為，武漢海鮮市場出售的蛇可能是 2019-nCoV 的中繼動物。

該假說隨即被 Nature news 於 2020 年 1 月 24 日駁斥 ，英國格拉斯哥大學的病毒學家 Dr. David Robertson 指出：「沒有任何證據支持蛇是傳播病毒的野生動物」。巴西聖保羅大學的病毒學家 Dr. Paulo Eduardo Brandão 也指出：「除了哺乳動物和鳥類以外，沒有一致的證據證明其他宿主中存在冠狀病毒」。使用慣用密碼子而推論可能的中間宿主可能產生嚴重的偏見。

我的補充：investigator Taiwan（類似泛科學的科普網站，但他們審查比較嚴謹）這篇滿值得一讀的。

這篇整理了常見的流言終結：
20個炎上的新型冠狀病毒（武漢肺炎）傳言？用科學...
”哈佛流行病專家說武漢肺炎的R0=3.8，是熱核武級別瘟疫。”

這個說法來自2020年1月25日哈佛大學公衛學院Dr. Eric Feigl-Ding的twitter貼文，他引用Lancaster大學Jonathan Read等人1月24日發布的研究指出新型冠狀病毒的基本傳染數（R0, 一個病人在易感染人群中平均能再感染人數）是3.8，並與流感1.28、H1N1 1.48、1918年西班牙流感1.8相比，2019-nCoV的R0是「thermonuclear pandemic level（熱核武器級的流行）」。

這位哈佛專家引用的研究確實存在，但需留意該研究尚未通過同儕審查，必須對該研究論述持保留態度，且R0值的估算受資料品質、數學模型選用影響很大，隨疫情進展R0也是會變動的。

依據美國CDC2019年11月出版的Emerging Infectious Diseases觀點文章，以麻疹為例，在多個研究領域、使用不同模型、不同時期報告的麻疹R0值多達20多個版本，數值範圍是5.4到18；該文作者也慎重提醒，如果不使用相同建模與假設計算R0，並無法公平比較不同時間、不同傳染原的傳染性。

做為參考，目前針對2019-nCoV的R0估算，除了3.8的版本，亦有WHO 1.4-2.5、MRC全球傳染病分析中心 2.6等不同版本。

病毒不是源於武漢的海鮮市場？從分子演化學角度看2...
這篇是盲眼的尼安德塔石匠寫的（我還是傾向用2019-nCoV啦），他也有提到蛇的研究是個謬誤。

盲眼的尼安德塔石器匠他也有討論到噗首提到的那篇論文的不合理性。

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做個總結。
我記得有些期刊說為了加速發表（牽涉到重大公益）有降低同儕審查的標準跟時程，但「發表在期刊上」要進展到「科學界普遍認知」中間有很大的鴻溝，經過reviewer不一定代表學界可以再現實驗結果，也可能會受到其他學者的challenge，錯誤的資訊來源也會推導出錯誤的結果，搶快的研究會有取樣上的問題，經得起檢驗的發表才是重要的。
再者是印度研究團隊發表在bioRxiv是根本沒有審查機制的。

台灣病毒學會將在 2/23 於台大醫學院舉辦 2019 新型冠狀病毒研討會，免費講座，歡迎有興趣的人報名參加（有幾個我以前的教授）：
嚴重特殊傳染性肺炎 - 2019 新型冠狀病毒研討會

Advancing the sharing of research results for the li...
查了一下bioRxiv（還有medRxiv），雖然說是冷泉港實驗室營運的，但它有點像提供給科學社群作未發表manuscripts的張貼平台（因為正式投稿到期刊等到發表的時間很長，首先編輯會決定是否受理，再邀請相關領域的專家學者進行同儕審查，可能會被拒絕或需要再修改）而他們希望加速這個過程，等於成立一個討論區讓人自由評論，原po者可以修改後再投稿（beta的概念啦）。
所以它既沒有任何審查編輯，也沒有impact factor。

一個字都看不懂 ;_;

thisiscarlo: 知道怎麼消毒跟戴口罩保護好自己就好

有些厲害的paper在正式發表前會放在bioRxiv作搶先版，但通常這是代表他們已經在peer review的過程中，而且有很高的機率會被接受。我讀過一篇最後發表在Nature Neuroscience的強大paper，它就有發在bioRxiv上，results不變，但討論的部分很明顯有被refined，變得比較保守www
對某些在競速比賽的領域，bioRxiv確實是可以加速該領域討論的利器，但閱讀上面的文章時要自己做peer review。我會挑作者讀，但我絕對不會挑印度人的文章讀，連有經過peer review都不見得會。

FantomeLoup: 謝謝鬼狼說明，我還納悶說如果要搶快或有專利那種為什麼會在投稿前先放在bioRxiv上，原來是已經在review的階段了 #傑出的一手
+1 遇到印度跟中國的團隊都會謹慎檢視他們曾經在哪裡發過、證據力可不可信，同意就算有peer review都還是要保持檢視的角度。

No, the 2019-nCoV genome doesn’t really seem enginee...補充一下1/31就有人嗆爆印度這篇manuscript 了，可以從子標題No, 2019-nCoV is still not an escaped bioweapon（不，2019-nCoV仍然不是生化武器洩漏）開始看，前面是在簡述這篇的結果要點。

翻了上面那篇一小段：「棘蛋白使得冠狀病毒能夠辨識細胞上的ACE2受體，侵入黏膜表皮；而gp120蛋白讓HIV病毒得以辨識CD4受體且感染CD4+ T細胞，而HIV的Gag蛋白，也就是這印度團隊對應到的四段序列，是出現在病毒內部。
如果這個假說成立的話，你可以預期2019-nCoV病毒株有能力辨識CD4受體或感染T細胞，但目前完全沒有證據顯示它可以感染T細胞或任何表現CD4受體的細胞，或可以感染任何沒有表現ACE2受體的細胞。」
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NEJM上有病例報導了，印象中WBC只有輕微變動，治療後就拉回來了，沒有影響到T細胞。
First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United S...

讓我們從Trevor Bedford的另一則推特來檢視一下這4段「插入」，首先是第一段的蛋白序列GTNGTKR：

在關聯相近的病毒株bat/Yunnan/RaTG13/2013上也可以找到，不能排除這段序列可能加入2019-nCoV裡。
⚠️須注意：insert在專有名詞定義指的不是人工編輯基因，而是多出的基因，有可能是自然突變造成的。

第二段YYHKNNKS根本就不是插入，純粹只是作者群在排列比對上有瑕疵。再者，此段序列有在RaTG13病毒株和其他相似的病毒株裡出現。

第三段GDSSSG可能也是排列比對時有誤，雖然有疑義。然而這段序列依舊可以在RaTG13病毒株上對應到，所以也非插入2019-nCoV棘蛋白的RNA序列。

第四段QTNSPRRA的前段QTNS可以在RaTG13對應到，後段PRRA是2019-nCoV獨有的蛋白序列，但是這麼短小序列不可能是人工技術能做出來的，而這樣的變異在類SARS冠狀病毒的自然演化上也是可見。

而且HIV排起來連前100名相似都不到，所以我想作者團隊應該是先有假設再去找關聯圓這個故事，比對到的HIV還是來自泰國、肯亞、印度的三個不同來源，而且是基因的高度變異區還不是conserved的地方。
1/31那篇的Feuer也說：
“In particular, the sequences identified both come from short alpha helical regions on the surface of an envelope/membrane protein, and both feature a lot of positively charged polar residues. “

“These kinds of similar residues have a tendency to appear together on sequences of this type, increasing the chance that unrelated sequences may share short overlaps if they both come from this type of protein domain.”

【Fact Check】 新型冠狀病毒與 HIV 相似，或為生物武器？錯！ | 立場科學 | 立場新聞
立場也有引用Feuer這篇。

看到一些評論說：「啊不然怎麼解釋愛滋病用藥怎麼可以應用在武漢肺炎上？」

治療SARS的時候也有用啊（SARS：am I a joke to you?）

HIV抗病毒用藥Lopinavir / Ritonavir複方製劑，藥名是Kaletra（快利佳），中國用的是美國AbbVie藥廠的Aluvia（克力芝）。
前者可以抑制HIV-1和HIV-2的protease（蛋白酶），藥物的作用為protease inhibitor（蛋白酶抑制劑），後者可以防止Lopinavir被CYP3A（又名cytochrome P450，這些基因的產物是monooxygenases，會催化人體內的藥物代謝）代謝，增加lopinavir 在血漿中的濃度。

簡單來說這藥物是抑制protease切割polyprotein（無法變成有功能的成熟protein），造成病毒沒辦法在感染人體後產生所需的蛋白，因而抑制了病毒的複製。
發表在PNAS上的這一篇有詳細說明： SARS-CoV 3CL protease cleaves its C-terminal autopro...用比喻來說，就是病毒帶著原料進到細胞想要加工，工廠產線卻被破壞了。

Science這篇有爬梳目前所有藥物過去的研究跟現在投入2019-nCoV的應用：
Can an anti-HIV combination or other existing drugs ...除了AbbVie之外，美國另一家藥廠Gilead也將治療Ebola病毒（伊波拉）的remidisivir提供給中國臨床使用，它的作用原理是直接抑制RNA-dependent RNA polymerase (RdRp）的作用，中止病毒的複製過程。
新型冠狀病毒爆發！Gilead重推伊波拉老藥新用、Co-Diagnostics開發新檢測法

轉自強者朋友（他目前專精的領域是生技專利）的臉書。
Pin-Shen Vincent Lee現在全球各大報已經跟進報導（例如Reuters, Bloomberg, Time, The NY Times, etc.），大部分評論是假設武漢病毒研究所「順利」取得專利的話，其目的是為中國想要使用Remdesivir治療2019-nCoV時，可以透過交叉授權（Gilead有Remdesivir化合物的專利、病毒研究所有使用方法專利），以避免中國採取「強制授權」，而又讓美國不開心。
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他轉貼的這篇有整理Remdesivir的專利狀態，並討論武漢病毒研究所的專利申請事件。
Lilicat's 1600 - 生醫專利雜談

謝謝你的整理