「靈魂」即意識，由付命神製造，經由命運神安排、產神配置，進入肉體，於人世活動。靈魂與肉體差別在是否可觸及，原則上一個肉體入住一個靈魂，肉體一分為二謂死，靈魂一分為二謂滅。

有腦科學研究，認定意識為腦部的數學運算，亦即否定靈魂的存在；靈魂研究者則致力於證明靈魂的存在，醫學上的多重人格，於靈魂研究者眼中，即多個靈魂入住一個肉體。

肉體不具備意識，例外為神血統者，可能低機率自肉體生成新靈魂，稱為「肉體魂」。肉體魂不會排斥原先安排入住的靈魂，靈魂仍是意識主宰者，與雙重人格的兩個靈魂共用一個肉體的情況不同。肉體魂亦有可能生成後即沉寂，直至死後才與原靈魂分開，分別論斷該二靈魂去留。

肉體死亡後，靈魂脫離肉體，藉由三途川進入神界，若無意成神，則等候審判神裁決進入輪迴或死滅，判決後由黃泉神引領靈魂前往現世或黃泉，此時靈魂並不會認知自己的死亡，亦不會記得到過神界。
判定輪迴者，除世界運行規則下允許，該靈魂前世記憶需全數或部分消除，繼續流連現世；判定死滅者，靈魂將粉碎，再由付命神蒐集碎片，重構新靈魂。

部分前世記憶留存的情況下，會與前世相關事物產生模糊聯想，即謂「既視感」。偶爾能見某些人自稱記得前世記憶的情況，多半是神有目的性保留。

另外，常世所言「鬼魂」，並非靈魂本身，而是其「執念」殘留的痕跡，該執念具有能量，能對活人產生影響。順道一提，靈媒認知或看見的，可能是靈魂，也可能是執念，有實力的靈媒能夠精準辨別兩者的差異。

實際維持現世運作的神明為靈魂升格，並不隸屬人間信仰，而是宗教反過來套用神明的概念，賦予神明特定角色，以完善宗教解釋。

靈魂本身不具備特殊能力，輪迴時亦不會繼承原肉體持有的能力，此原則亦有例外，通常有意成為神的靈魂會予以保留在世時的能力，其次是在世時為神血統者，其能力無論先天或後天都有機率保留。